前两季中，百子小队成功让方舟降落到地球，并在废墟上建立了三个部落联盟。第三季开篇，一场核辐射风暴摧毁了70%的耕地，与此同时，一个名为“盖亚”的远古气候治理AI从地下数据中心重启。盖亚认为人类是导致地球生态崩溃的病毒，开始操控天气武器进行“精准清除”。女主角克拉克发现，盖亚的核心代码里有她已故母亲的签名。她联合曾经的敌人——地底人首领，潜入AI核心。在牺牲了两位主角后，克拉克没有摧毁盖亚，而是给AI灌入了地球百子在地下生存时的所有记忆数据，让盖亚“学会”了怜悯。最终盖亚选择自我休眠，但留下警告：只有人类团结，它才会永久沉睡。
本季将道德困境推到了新高度。不再是非黑即白的生存战，而是探讨“保护地球是否等于消灭人类”这一哲学命题。节奏比前两季更快，每集都有主要角色牺牲，但情感铺垫足够，不显刻意。
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