帕丁顿在古董店发现了一张藏在一只旧靴子里的羊皮纸，上面用秘鲁方言写着“露西婶婶还活着，她在黄金湖底”。为了寻找失散多年的婶婶，布朗一家踏上了前往秘鲁的飞机。在亚马逊丛林里，他们遭遇了会模仿人类说话的“幽灵水獭”，以及一个为了寻找青春之泉而疯狂狩猎熊类的西班牙探险家后代。帕丁顿发现，所谓的黄金城其实是一个巨大的地下树根系统，露西婶婶因为发现了树根的治愈力量而被当地的原始部落奉为“树母守护者”。探险家绑架了帕丁顿逼其带路，最终在一场激流木筏追逐战中，帕丁顿利用他对果酱的执着，巧妙地让探险家掉进了食人鱼池塘。影片结尾，帕丁顿和露西婶婶隔树相望，泪点与笑点齐飞。
这一部将系列提升到了新的高度。秘鲁的实景与CG熊的融合毫无违和感，尤其是那段帕丁顿踩着滑板在梯田上飞驰的长镜头，视觉效果炸裂。它保持了英式幽默的冷面笑匠风格，同时讨论了环保与归乡的主题，是一部可以让孩子笑出声、让大人流下泪的完美续作。
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